![ストーリー](http://www.movienet.co.jp/images/movie_icon_story.gif)
すでにミュータントの大半が死滅した2029年。長年の激闘で心身ともに疲弊しきったローガンは、もはや不死身の存在ではなかった。超人的な治癒能力が衰え、生きる目的さえ失った彼は、雇われのリムジン運転手として日銭を稼ぎ、メキシコ国境近くの廃工場でひっそりと暮らしている。その廃工場には衰弱しきったチャールズ・エグゼビアと、太陽光のもとでは生きられないミュータントのキャリバンもいた。
そんなある日、ローガンは看護師ガブリエラから思いがけない頼みごとを持ちかけられる。ローラという少女を、カナダに国境を接するノースダコタまで送り届けてほしいというのだ。しかし、それは新たな災いの始まりだった。図らずもローラを保護することになったローガンは、子供たちを利用しておぞましい実験を行っているトランシジェン研究所が放った冷酷非情な男、ピアースが率いる武装集団の襲撃を受ける。ピアースの目的は、ガブリエラによって研究所から連れ出されたローラを奪い返すことだった。
からくもピアース一味の包囲網を突破し、廃工場から逃走したローガン、ローラ、チャールズは、ノースダコタを目指して車を走らせる。あどけない外見からは想像もつかない戦闘能力を持ち、ローガンにそっくりの特徴を備えたローラは、はたして彼との間にどのようなつながりがあるのか。やがて研究所の責任者である遺伝子学者ドクター・ライスが差し向けた最強の敵が迫るなか、ローガンはミュータントの最後の希望が託されたローラを守るため、命がけの闘いに身を投じていく・・・。