彼は、すべての記憶を取り戻した。だが、すべてを知っている訳ではなかった。 <記憶>を巡る本当の戦いは、これから始まる。
ジェイソン・ボーンが消息を絶ってから何年もの歳月が経過したある日、世間から姿を消して生活していたボーンの元に、CIAの元同僚であるニッキーが現れる。彼女は、「CIAが世界中の情報を監視・操作する事を目的とした、恐ろしい極秘プログラムが始動した」という情報を告げ、さらにボーンの過去にまつわる「衝撃的な真実」を明かす。そしてその真実は、新たな戦いの始まりを意味していた―。ボーンは再び姿を現すこととなり、追跡を任されたCIAエージェントのリーは、ボーンが最も求めているものを提供すれば、再びCIA側に取り込めるのではないかと考え始める。
しかし“史上最も危険な兵器”であるボーンは、追跡者が想像すらできない、ある目的を持って動いていた…。