神と人間が共存する古代エジプト。残虐な暴君と化した“砂漠の神”セトが、戴冠式で“天空の神”ホルスから王座を奪って以来、国民たちはセトの絶対的な支配により苦しめられていた。それに対し、反セトを掲げる神々は反逆の戦いを挑んでいた。ある日、盗賊の青年・ベックは忍び込んだセトの神殿で、光り輝く球体を強奪する。それはホルスが再び王に君臨するために必要なアイテムといえる≪神の眼≫だった。だが、そのせいでベックの恋人・ザヤがセトに捕らわれてしまう。
ベックは、セトが待ち受けるピラミッドに忍び込み、もうひとつの≪神の眼≫を盗み出すため、そしてザヤを救い出すため、冒険の旅に出ることを決意する。彼が相棒に選んだのは、王宮から追放されたことで士気を失っていたホルス。ホルスによると、セトを追放するには、砂漠を崩壊させなければいけない。そこで2人は、ホルスの祖父で宇宙を司る“太陽神”ラーの助言を受け、セトが送り込んだ数々のハンターたちの襲撃をかわし、スフィンクスが仕掛ける謎を解くなど、さまざまな難題をクリアしながら先に進んでいく。
一方、セトは黄金の翼などを得て、超合神へと変貌し、父親でもあるラーを襲撃していた。今や彼はエジプトだけでなく、全宇宙をも支配しようとしていたのだ。
