CIA最高機密が漏洩した時、国家はすべてを"遺産<レガシー>"にする。
ボーンが<トレッドストーン計画>の秘密を暴くその裏で、更なる機密プログラム<アウトカム計画>が遂行されていた。情報漏洩によってCIA長官及び国家全体が危機的状況に陥ることを恐れ、国家調査研究所の司令塔リック・バイヤーは証拠隠滅のために<トレッドストーン計画>及び全てのプログラムを抹消することを決定。<アウトカム計画>の“最高傑作”とされるアーロン・クロスにも追っ手が忍び寄る。身の危険を察したアーロンは、工作員の体調を管理する研究者、マルタ・シェアリング博士とともに打開策を模索する。行きついた先はフィリピン、マニラ。彼の地にはプログラムのトップ・シークレットが隠されていた…。