![ストーリー](http://www.movienet.co.jp/images/movie_icon_story.gif)
ゼブラタイムが導入され、ゼブラクイーンの扇情的な歌声が鳴り響く、世の中に白黒つける都市・ゼブラシティ。
すっかり様変わりした東京の路上で、市川新市はいきなり目覚める。時間は丁度AM5:00、強烈なサイレンとともに“ゼブラタイム”が始まった。街はゼブラ灯が点滅し、白と黒の世界に!いきなり警官(ゼブラポリス)に発砲され、白黒の町を逃げ惑う新市。何が起こっているのか理解できない。何人ものゼブラポリスに追われ、最後には胸を打ちぬかれ、意識を失ってしまう・・・。
きっかり5分、ゼブラタイム終了とともに、朝日が昇り、普通の日常が動きはじめる。そこに、白装束の男が現れ、新市を連れ去る。連れていかれた先は、ゼブラシティの外にあるコミューン“白馬の家”。ゼブラシティの犠牲者たちを匿い、自給自足の生活をしている彼らのリーダー・浅野は、新市を見て愕然とする。それは15年前に行方不明になった小学校の担任の先生、かつてエイリアンと戦い、地球を救ったゼブラーマン・市川新市だったのだから。だが、「先生・・・」と呼ぶ浅野に対しても、新市は何のことかわからない。15年間分の記憶が全く無いのだ。傷ついた心と体を癒すため、新市は“白馬の家”でリハビリ生活を開始する。
その頃、ヒットチャート40週連続NO.1のスーパーアイドル・ゼブラクイーン(その正体は都知事の娘・ユイ)と側近の新実は、ゼブラシティの広告塔としてゼブラシティに君臨するだけではなく、世界征服の野望を着実に進めていた。それは、父の都知事が内密に保護していたが、研究施設から忽然と姿を消したエイリアンを探し出し、もう一度地球上で暴れさせ、それを黒ゼブラとなったユイが倒すことで、“地球を救ったスーパーヒロイン”として全世界に君臨しようというのが、第一歩。しかも、ユイは研究施設で一度だけ黒ゼブラに変身したことがあるのだった。そして、そのエイリアンが“白馬の家”にいることをつきとめ、行動を開始する。
かたや新市は、“白馬の家”で白黒のパンジーを育てる少女・すみれと出会う。最初は何も喋らないが、徐々に心を開いていくすみれ。だが、新市とすみれがふと触れあった時、新市の全身に戦慄が走る。戦慄は激しい痙攣となり、体の一部にゼブラ柄が浮き出てくる、と同時に失った記憶が蘇る!自分がゼブラーマンだったこと、謎の遠心分離機にかけられ記憶を失ったこと、そして、この世界の歪んだ正義の秘密!それと同調するかのように、ユイの体にも激しい痙攣とともにゼブラ柄が!驚愕の中、新市の脳裏に謎の声が響く、「まだ終わっていないんだよ、ゼブラーマン」。今、地球の存亡をかけた“白と黒の戦い”が、始まる!!