22世紀の地球。若き元海兵隊員ジェイク・サリーの心は沈みきっていた。地上での戦闘で足に大怪我を負った彼は、それ以来、車椅子での生活を余儀なくされ、すさんだ日々を送っている。そんなジェイクに、遥か彼方の衛星パンドラで実行される “アバター・プログラム”への参加が要請された。
”アバター・プログラム”とは、軍隊を伴ってパンドラに進出した資源開発企業RDAが、莫大な利益をもたらす超伝導性の鉱物アンオブタニウムを採掘するために取り組む一大プロジェクト。豊かな大自然が広がるパンドラの環境はアマゾンの熱帯雨林に似ているが、有毒な大気が充満しているため、人間はそのままでは立ち入ることができない。RDAはそのハードルをクリアするため、パンドラの先住民ナヴィと人間の遺伝子を組み合わせた肉体<アバター>を開発。<アバター>に意識を送りこむことで、息をのむほどに美しい星、パンドラに入りこむことができるのだ。
パンドラの地に降り立ったジェイクの<アバター>は、そこで様々な発見と思いがけない愛を経験し、やがてひとつの文明を救うための戦いに身を投じていくのだった―。