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　 「スターシップ・トゥルーパーズ」から、10年。第１作の監督、ポール・ヴァーホーベンが本作では製作総指揮にまわり、第１作でもジョニー・リコを演じたキャスパー・ヴァン・ディーンが再び同じ役で帰ってきた。
　寄生型バグとの戦いを描いた第２作から一変し、第１作の流れを汲む壮大なスケールの宇宙戦争が再び展開される。爆弾バグ、スコーピオン・バグ、そして全バグズの原種でもある超弩級の大型バグなど新種も続々登場。

〈前２作〉
「スターシップ・トゥルーパーズ」（1997）
監督：ポール・ヴァーホーヴェン
脚本：エドワード・ニューマイヤー
「スターシップ・トゥルーパーズ２」（2003）
監督：フィル・ティペット
脚本：エドワード・ニューマイヤー

　　地球連邦対バグズの戦争は開戦から１０年の歳月を経た今も続いていた。連邦政府の放送は第二次バグズ大戦のはじまりを告げ、軍への入隊を繰り返し呼びかける。民衆の中には、泥沼化する戦争の継続に異を唱え、抗議活動を行う者もいたが、そんな反政府思想者は次々と逮捕され、公開絞首刑に処されていた．．．。
　農地として開拓されながら、バグズの抵抗が絶えない植民惑星。そのロク・サン防衛基地で指揮を執るのは、１０年前、惑星Ｐでの戦いで名を馳せた英雄ジョニー・リコ大佐だ。ある時そこに、連邦軍総司令官オマール・アノーキが、ディックス・ハウザー将軍、そしてローラ・ベック大尉を伴い視察に訪れる。旧知の仲でもあったディックスやローラとの再会を喜ぶジョニー。しかしそれも束の間、基地内で突如戦闘が始まった。バグズの群れが防御壁を突破し、塹壕内に侵入してきたのだ。ウォリアー・バグ、爆弾バグ、そしてスコーピオン・バグの容赦ない攻撃によって、一帯はたちまち殺戮の舞台と化す。ジョニーが応戦する一方、ディックスはアノーキとローラを宇宙戦艦ジェロニモに帰艦させた。だが、その後、ジェロニモも攻撃を受けて撃沈。アノーキとローラを含む６名を乗せて脱出した救命ポッドは惑星ＯＭ−１に不時着する。
　やがて連邦の放送を通じて、ロク・サン壊滅が報じられた。基地を守りきれなかっただけでなく、反逆罪にも問われていたジョニーには、無情にも絞首刑判決が下されるのだが．．．。