「ワタリ、日本へ向かう手配をしてください」。キラ事件を解決するために、ロサンゼルスから日本へと旅立ったＬ。そのとき彼を捉えていたのは、97％の確立でキラは日本にいるという確信と、ここへはもう二度と戻ってこられないかもしれないというかすかな予感だった。
　キラと呼ばれ、デスノートを使って犯罪者なき新世界の神になろうとした夜神月（ヤガミライト）と、キラの正体を突き止め、事件を終わらせようとしたＬ。二人の天才の熾烈を極めた攻防戦が最終局面を迎えようとしていた頃、タイで一つの村が消滅した。何もかもが焼き尽くされ、あらゆる痕跡を消し去るかのように、地上から抹殺された小さな村。いったいそこで何が起こったのか？そのときすでに、世界崩壊にも繋がる大事件が、Ｌの知らないところで動き出していたのだ。
　Ｌの究極の選択によってキラ事件は終結したが、それと同時に、Ｌはワタリを失った。大きすぎた犠牲を噛みしめながら、ワタリのファイルに残った未解決事件を片づけていくＬ。未解決事件の案件も尽きたころ、Ｌのもとにワタリ宛の"贈り物"が届いた。その贈り物は、タイで消滅した村のたった一人の生き残り、幼い少年、BOYだった。Ｌは、BOYが身に着けていたＳＤカードのデータから、村消滅の裏では人間が作り出した"死神"をめぐる大きな事件がうごめいていることを知る。そこへ、また一人、今度は少女がＬのもとにやって来た。Ｌは、二人の子供たちを守りながら身体を張って事件を解決するという不得意分野に挑む。