 「2001年宇宙の旅」が既に未来でなくなった2002年の今日。日本の衛星打ち上げは何度か失敗しているものの、スペースシャトルが何度も宇宙と地球を往復し、有人宇宙ステーション計画も確実に進行中。この「ほしのこえ」のような宇宙と地上に別れた少女と少年の超遠距離恋愛も近い将来現実の話になりそう。少女ミカコは選抜メンバーに応募して宇宙へ、少年ノボルは高校へ進学して地上でミカコからメールを待っている。設定は近未来だが、テーマはごく身近なもの。人間の細やかな日常の感情を画面にすくいあげることをテーマにしたと語る新海誠氏が、1台のＰＣ（PowerMacG4)を使い基本的にたった一人で制作したフルデジタル・アニメーション。個人のクリエイターがたった一人で映像作品の制作が出来る時代が現実になっていることは、この作品と同くらい素晴しいこと。新しい映像クリエイターの作品に注目です。
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2039年、有人火星探査チームは火星のクレータに異文明の遺跡を発見するが、突如出現した異生物に全滅させられてしまう。しかし、遺跡に残されていた異文明の足跡により、人類は恒星間航行さえ可能とする技術を手に入れる。異文明の調査を続ける国連は宇宙戦艦4隻による艦隊を編成、選抜メンバー1000人からなる調査団が組織されることになった。
ミカコとノボルは同じ中学に通う同級生。三年生の夏、ミカコは国連の選抜メンバーに選ばれたことをノボルに告げる。翌年、ミカコは地球を後にし、ノボルは高校に進学する。地上と宇宙とに離れ離れになったミカコとノボルは、ケイタイ・メールで連絡をとりあっていたのだが、ミカコの乗った戦艦が地球から離れるにつれ、データのやりとりにかかる時間が増し、二人の時間はどんどんズレてゆく。そんな日常に苛立つノボル。やがて、国連軍艦隊がワープを行うと、二人のズレは決定的になり・・・。
